審計部查核發現，航空警察局執行保安控管人查核監督及進出口貨物安全檢查等作業，有未盡落實情事，恐影響保安控管品質，不利飛航安全維護，經函請警政署督促研謀改善，該局已採行改善措施，提升保安控管品質及維護飛航安全。
航空警察局為維護國家飛航安全，兼顧航空貨運通關實務需求，參考國際公約航空保安多邊協定、標準及先進國家作法，實施「保安控管人推動計畫」(航空警察局就航空貨運承攬業者所提出保安計畫經審核認證核可者公告為保安控管人，貨物經保安控管人適當保安控管者，航空警察局僅需部分抽檢即可裝載於航空器)，查核保安控管人保安措施運作情形，並依據國家安全法第4條及其施行細則第19條、第20條，暨民用航空法第47條之3等規定，對於空運進出口之貨物、郵件等實施安全檢查，以確保航空器裝載貨物之飛航安全。審計部於106年10月間查核發現，航空警察局未依規定每3年對保安控管人至少實施1次查核，又對於保安控管人解散、廢止登記、更名等未能有效建立通報與管理機制，影響保安控管品質；且部分空運機放出口生鮮貨物因X光檢查儀不足而未依規定實施100％檢查，不利於保安控管人保安措施運作與飛航安全之維護等缺失。經於107年1月31日函請警政署督促研謀改善。
嗣經審計部追蹤改善結果，航空警察局已加速進行保安控管人查核作業，並於107年8月15日完成查核全數保安控管人之保安措施運作情形，且自108年起規劃逐年滾動式分年分梯實施查核計畫，預計108年內完成220家保安控管人查核；另與經濟部商業司及交通部建立聯繫機制，倘保安控管人有公司營業資訊變更或貨運承攬業解散、廢止或更名等情，各該機關將通報航空警察局辦理保安控管人資格撤銷或更名登記等；又航空警察局於107年2月及9月修正「空運機放出口生鮮貨物檢查作業程序」，規範空運機放生鮮出口貨物依其性質進行人工或X光檢查儀檢查，並於108年3月協同長榮空運倉儲公司會勘X光檢查儀器裝設地點，同時於109年度概算納編1億6,680萬元預計採購20台X光檢查儀，以提升保安控管品質及飛航安全。