審計部交通建設審計處（下稱交通建設審計處）查核發現，交通部高速公路局（下稱高公局）辦理客運業者申報免徵收國道通行費之查核補徵作業，間有遲未完成勾稽查證，及對部分業者延宕申報案件未依規定追繳補徵等情事，經函請高公局檢討妥處。該局已清理並核算補徵竣事，並就規範未周延部分予以研修，及導入資訊系統控管功能，以健全管理機制。
依據交通部民國（下同）103年1月28日核定實施之「汽車客運班車申請免徵收國道通行費注意事項」規定，業者應於每月20日前申報前月之免徵收國道通行費數額；高公局對未依規定申請者，應按一般車輛規定之費率追繳通行費，及應依據業者申請資料，核算免徵收通行費數額及辦理差額補徵作業。經交通建設審計處查核發現，截至106年11月29日止，高公局對業者申報104年7月以前案件迄未完成勾稽查證；且104年8月以後案件，有24家業者遲未依規定期限辦理申報（甚有已延遲2年者），惟該局仍予免徵國道通行費之優惠，未依規定追繳補徵，經函請檢討依規定妥處。
嗣經交通建設審計處追蹤改善情形，高公局已完成查證補徵作業，截至107年底止，共計收繳1,099萬餘元。另據實務運作現況，於107年8月17日修正發布上開注意事項規定；並於同月辦理高速公路計程收費帳務管理系統功能增修暨維護採購案，新增該項業務稽核作業功能，由系統產出申報作業控管表及提供業者未填報資料、費用繳納期限將屆等通知，以避免人工控管產生疏漏，健全管理機制。