審計部臺灣省臺東縣審計室(下稱臺東縣審計室)查核發現，臺東縣政府辦理東海自然生態處理場興建及維護管理情形，未覈實審查設計成果，所訂水質淨化目標不合理，肇致污水處理成效不彰，復未積極辦理處理場操作維護管理事宜，致相關設施閒置，無法發揮計畫應有效能等情事，經陳報監察院，業由監察院糾正該府。
臺東縣政府為改善太平溪之污染及配合行政院環境保護署推展生態工法處理水質淨化，提報「臺東縣都會型河川復育與整治-太平溪流域水質規劃細設計畫」補助計畫，經該署於民國(下同)98年9月18日核定經費2,346萬餘元辦理「東海自然生態處理場興建工程」，101年7月27日完成驗收，支出總金額2,756萬餘元。
臺東縣審計室於104年9月查核發現，臺東縣政府未確實審查東海自然生態處理場設計處理水量及水質，所訂水質淨化目標不合理，且採樣點位置不當，肇致進流水污染濃度低於放流水濃度，污水經生態處理場處理後水質更形惡化等異常現象，又自100年6月22日開始6個月試運轉，及於101年3月1日至102年2月28日等期間辦理水質監測，該府亦未覈實審查紀錄表，以發現實際進流量較設計處理量短少之情事，及早檢討改善以引進應有之設計處理污水量，致污水處理成效欠佳；復未積極維修處理場相關設施，污泥淤積無法引進污水，致場區乾涸，迄無具體改善結果而閒置，無法發揮淨化太平溪水質、生態及休閒等計畫應有效能之情事。嗣於105年10月通知臺東縣縣長查明妥處並陳報監察院，案經該院立案調查後，於107年11月7日糾正臺東縣政府。(詳監察院公報3105期)