審計部教育農林審計處(下稱教育農林審計處)查核發現，行政院農業委員會(下稱農委會)為協助農民迅速恢復生產，辦理農業天然災害現金救助，惟有申請救助之林業用地種植非核定之造林樹種等不符規定情事，經函請農委會檢討妥處，已收回溢發之現金救助款項，及修正土地勾稽異常清單及檢核表，由公所進行異常檢核及註記原因，強化系統檢核機制。
依農業發展條例第60條第1項規定，農業生產因天然災害受損，政府得辦理現金救助、補助或低利貸款，以協助農民迅速恢復生產。農委會為有效掌握農產業於天然災害發生後之受害情形，自民國(下同)100年度建置啟用「農產業天然災害現金救助系統」(下稱現金救助系統)，以加速災後復建及救助工作之進行。教育農林審計處查核發現，農委會104至105年度核定臺南市與雲林縣之農業天然災害現金救助案件，部分申請救助之林業用地種植非屬核定之造林樹種，或農地面積與地政機關登載面積不符，或重複申領休耕獎勵及天然災害現金救助等情事，經於106年5月函請農委會查明妥處。
嗣經教育農林審計處追蹤改善情形，截至107年底止，農委會已收回溢發之農業天然災害現金救助款項147萬餘元，並修正土地勾稽異常清單及檢核表，增列核定情形欄位，由公所進行異常檢核及註記原因，以強化現金救助系統檢核機制。