審計部查核發現，部分公司股東以他公司股票為出資認購新股，其抵繳股款金額超過取得成本之所得，國稅局漏未核定其基本所得額或證券交易所得，經函請賦稅署督促查明妥處。業經補徵綜合所得稅(含罰鍰)計1億3,818萬餘元。
依財政部民國(下同)69年5月5日台財稅第33561號函釋，公司股東以他公司股票抵繳股款(下稱以股作價)，抵繳金額超過其取得成本部分，係屬該股東之證券交易所得。又依行為時所得基本稅額條例及所得稅法規定，102年度以前，個人出售未上市(櫃)及非屬興櫃公司股票之交易所得應計入個人基本所得額，以計算基本稅額及綜合所得稅應納稅額；102至104年度個人出售未上市(櫃)公司股票、興櫃公司股票100張以上、國內初次上市(櫃)公司股票課徵證券交易所得稅(自105年度起停徵)。審計部查核發現，北區及南區國稅局所轄公司101至104年度均有以股作價案件，惟該2國稅局未運用賦稅資訊系統之公司股東股票(股份)轉讓通報表資料，作為選案查核之參考，致有該類案件漏未核定其基本所得額或證券交易所得之情事，經106年1月6日函請賦稅署督促查明妥處。
嗣經審計部追蹤改善情形，各國稅局業已清查100至104年度有關公司個人股東以他公司股票為出資認購新股案件，截至107年8月底止，計補徵綜合所得稅219件，金額(含罰鍰)計1億3,818萬餘元。