審計部臺灣省新竹縣審計室(下稱新竹縣審計室)查核發現，新竹縣政府未續與新竹市政府簽署區域合作行政契約，恐未能確保垃圾即時清運，經促請檢討改善，已簽訂行政合作契約，維護環境衛生及水源品質。
新竹縣轄內無垃圾焚化廠，須委由鄰近新竹市政府代為焚化處理，新竹縣、市政府雙方於民國(下同)99年11月簽訂為期5年之行政契約，由新竹市政府協助處理新竹縣每日約150公噸之家戶垃圾，且每年交付之廢棄物不得低於36,500公噸。新竹縣審計室於106年10月間查核發現，上開契約已於104年11月底屆期，新竹市政府雖仍持續協助處理該縣家戶垃圾，惟因施政考量等因素迄未同意與新竹縣政府簽署行政契約，經於106年12月7日函請檢討改善。
嗣經新竹縣審計室追蹤改善情形，新竹縣政府已於107年5月間與新竹市政府完成契約簽訂(契約期間自107年6月至108年10月)，委託新竹市政府處理家戶垃圾之例行性進場焚化作業，將於契約期間內協助新竹縣處理逾5萬公噸之家戶垃圾，落實區域垃圾處理機制，維護環境衛生及水源品質。