審計部臺灣省澎湖縣審計室(下稱澎湖縣審計室)查核發現，澎湖縣政府農漁局(下稱農漁局)未善用船隻科技設備及取得跨機關情資規劃巡護計畫，致查緝成效欠佳，經函請檢討改善，已妥善運用跨機關資料及科技設備規劃巡護計畫，強化查緝作業，提升查緝成效。
澎湖海域常見非法漁業行為，包括毒、電、炸魚、違規拖網、潛水器漁業及採捕經禁止之水產動植物等。農漁局為保護澎湖海域漁業資源，於民國(下同)97年以3,352萬餘元建造漁業巡護船-澎興號，配置船長、輪機員及船員等共6人，維護漁業秩序。澎湖縣審計室於106年2月查核發現，該局運用澎興號執行巡護作業，惟船員未熟稔船隻設備功能，致未能運用自動追蹤記錄航跡功能，輔助規劃巡航路徑，以訂定巡護計畫作為執行巡護任務之依據，並運用設備功能管理船舶出勤情形，且未按漁業署、海巡署、澎湖縣政府等機關於104年聯合召開非法捕魚聯合查緝連繫會議決議，於執行巡護任務前向當地海巡單位取得雷達情資，以提高非法捕魚查緝效率，105年度澎興號巡航查緝計36次，惟查獲非法漁業行為4次，查獲率約11.11％，查緝成效仍有提升空間，經於106年4月28日函請檢討改善。
嗣經澎湖縣審計室追蹤改善情形，農漁局已於106年6月6日加強船員訓練，綜合檢討考量潮汐、氣候、海象、漁汛、違規熱點及時段與出勤安全風險性等各面向因素，並於106年6月26日妥善規劃巡護計畫，加強各機關間之橫向溝通、連繫，強化查緝作業。經該局統計106年7至12月底止，澎興號巡航計28次，共查獲非法捕魚情事14次，查獲率50.00％，已提升查緝成效。