審計部臺灣省南投縣審計室(下稱南投縣審計室)查核發現，南投縣政府經管專戶存款部分未列帳管理，或與帳列餘額不符，或開戶後未通知財政單位列管，專戶管理內部控制機制欠佳，經促請檢討改善，已結清無業務需要之專戶，並將餘額解繳縣庫及完善專戶管理作業。
依南投縣政府及所屬各機關學校專戶存管款項收支管理要點第4點規定，各機關學校專戶存款開戶後，應通知財政單位列管。復依行政院民國(下同)100年10月31日院授主會字第1000006796B號函示，各機關學校應每年向其往來金融機構(含郵局)函證帳戶之設立情形。南投縣審計室為驗證南投縣政府於金融機構往來餘額之正確性，先後在106年4月及10月間分別向臺灣銀行及臺灣土地銀行函證迄106年3月底及9月底在各該銀行專戶存款餘額，發現該府經管26個專戶存款帳戶管理未盡完善，其中81至91年間開立10個專戶餘額計659萬餘元，及學校聘僱人員公、自提離職儲金專戶餘額計778萬餘元未列帳管理；1個專戶因未取具對帳單，致未發現尚有餘額82萬餘元；23個專戶開戶後，未通知財政單位列管，專戶管理內部控制機制欠佳，分別於106年6月8日及107年1月31日函請檢討改善。
嗣經南投縣審計室追蹤改善情形，南投縣政府已於106年6月30日及107年2月12日函請各機關單位及學校確實依規定辦理開戶存管，並落實每年向往來銀行函證作業；106年8月起將學校聘僱人員公、自提離職儲金專戶，轉由各該學校開立專戶列帳管理；106年9月20日、107年3月8日及107年5月3日結清9個無業務需要之專戶，並將餘存金額合計691萬餘元解繳縣庫，完善專戶管理作業。