審計部高雄市審計處(下稱高雄市審計處)查核發現，高雄市政府環境保護局(下稱環保局)對於排放廢水已接入公共污水下水道系統之事業，免提報為水污染防治費開徵對象，惟部分事業並無繳納污水下水道使用費紀錄，經函請高雄市政府水利局(下稱水利局)查明妥處，已補徵使用費，並加強檢核接管用戶資料之正確性，以落實使用者付費原則。
行政院環境保護署為促使污染源降低排放量，加速改善水體環境，自民國(下同)104年5月1日起開徵水污染防治費，環保局配合提報轄內徵收對象共413家事業，申報繳納金額1,020萬餘元。高雄市審計處於105年4月查核發現，環保局除提報上開水污染防治費徵收對象外，另有32家排放廢水已納入公共污水下水道系統之事業，雖依規定免列為水污染防治費徵收對象，惟經運用水利局建置之污水下水道使用費便民服務網站資料查詢結果，其中4家事業未曾繳納使用費，經於105年8月19日函請水利局查明妥處。
嗣經高雄市審計處追蹤改善結果，水利局已於105年12月清查各該事業於100年9月至104年2月間已接公共污水下水道，惟未自接管日起繳納污水下水道使用費者，並於106年間通知補繳使用費共計418萬餘元，自106年5月至107年6月底止，已收繳326萬餘元，並加強檢核接管用戶資料，避免漏徵案件發生，維護使用費徵收正確性，以落實使用費付費原則。