審計部查核發現，財政部關務署(簡稱關務署)暨所屬購置機動式貨櫃檢查儀，屢因X光直線加速器等重要零組件損壞而停機無法執行儀檢作業，亦受限於輻射管制無法發揮機動功能，經促請財政部及關務署檢討改善，該署已強化後續採購計畫之擬訂，改善故障停機之風險。
關務署為簡化查緝作業，達到快速通關目的，購置3種型式共8部機動式貨櫃檢查儀，配置所屬基隆關3部、臺中關2部、高雄關3部，契約金額合計6億4,075萬元，先後於民國(下同)98年6月至100年1月啟用。經審計部查核結果，核有：採購作業未審慎評估於契約訂明保養維護服務及零組件供應事項，且後續保養維護採購，未依重要零組件使用壽命擬定採購需求、未預為編列預算支應等；採購計畫未就X光射線管制區域之限制等妥為考量，致機動式貨櫃檢查儀未能發揮行駛至港區各點之機動優勢及故障支援功能，計有基隆關東岸、基隆關西案、基隆關臺北港、高雄關第二、高雄關第五貨櫃中心5部貨櫃檢查儀，因X光直線加速器等重要零件相繼損壞而停機，損壞期間估計約有2萬3千餘只高風險貨櫃未經檢驗即予通關，衍生走私風險等情事。經函請財政部及關務署查明研謀改善。
經審計部追蹤改善結果，關務署已強化後續採購貨櫃檢查儀計畫之擬訂，採一次性招標方式辦理契約保固及後續維護，得標廠商須依契約負責全機保修，且對使用中儀器，先綜整各項零組件汰換優先順序，據以預為編列預算，妥為辦理儀器維護採購。經統計106年下半年至107年上半年，上述5部貨櫃檢查儀無法檢驗貨櫃約2千餘只(如附表)，長時間故障停機情形已有改善。爾後遇貨櫃檢查儀停機期間，將提高對高風險貨櫃改以人工查驗通關之比率，或將待儀檢貨櫃以加封電子封條方式轉移至其他儀檢站，以降低衍生之風險，俟貨櫃檢查儀汰舊換新計畫建置完成，將有餘裕檢查儀可供調度支援，改善故障停機風險。=