審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府衛生局(下稱衛生局)所屬37區衛生所配置之醫事檢驗師長期兼辦庶務工作，多數檢驗工作委外辦理，未能發揮其醫事檢驗專才，經函請研謀改進，已成立檢驗中心，運用各衛生所現有醫檢人力資源，擴大辦理檢驗項目，為民眾健康把關，以維食品安全，提升政府施政效能。
依衛生局全球資訊網公告衛生所組織編制及業務職掌，醫事檢驗師之工作項目為各項檢驗業務、愛滋及其他疾病防治等。臺南市審計處於民國(下同)105年9月查核發現，衛生局所屬37區衛生所均配置1名醫事檢驗師，惟各衛生所醫事檢驗師長期兼辦庶務工作，多數檢驗工作委外辦理，未能發揮其醫事檢驗專才，經統計105年度截至8月底止，各區衛生所平均委外辦理檢驗件數比率高達85.39％，醫檢人力未妥為運用，經於同年12月函請衛生局研謀改進。
嗣經臺南市審計處追蹤改善結果，衛生局為妥為運用醫檢人力，已於107年1月3日成立臺南市政府衛生局檢驗中心，除借調永康等3區醫事檢驗師外，排定各衛生所醫事檢驗師每周1日輪值協助支援檢驗工作，經統計107年度截至6月底止，各區衛生所平均門診委外檢驗率已降至79.01％；另為發揮醫檢師專才，自107年1月起與農業局等單位合作，增加農產品及製酒原料之殘留農藥、重金屬及真菌毒素之檢驗，開放受理農民自主送驗殘留農藥等374項檢驗服務，擴大檢驗服務，為民眾健康把關，以維食品安全。