疾病管制署為提升醫療機構感染管制品質，已制定醫院感染管制查核基準，供地方衛生局定期辦理查核，惟尚乏診所感染管制之查核基準，經審計部函請疾病管制署研謀改善。該署已訂定診所感染管制督考建議項目，並督導各地方衛生局於民國（下同）107年度將其納入轄區診所督導考核項目執行，以維護病人健康安全。
為預防與控制醫療機構內感染傳播與發生，我國傳染病防治法第32條規定，醫療機構應配合主管機關規定執行感染控制工作，並由中央主管機關疾病管制署訂定相關感染控制措施及查核基準，供地方衛生局辦理查核，俾藉由實地訪查，輔導機構加強感染管制品質，落實院內感染監控、傳染病通報與隔離治療及院內感染控制預防措施等工作。審計部查核發現，疾病管制署已就醫院訂有相關查核基準及規範，供地方衛生局定期辦理查核，惟診所部分，地方衛生局多自行依醫院感染管制查核基準調整適用個別辦理，尚乏全國一致性之查核基準，各市縣存有查核頻率不一，或未落實感染控制查核情事，難以維護病人安全，經於103年12月15日函請疾病管制署檢討改善。
嗣經審計部追蹤改善情形，疾病管制署已訂定「診所督導考核之感染管制建議項目」及相關評量說明，並藉由中央對地方防疫業務考評，督導各地方衛生局於107年度納入對轄區西醫診所之督導考核項目執行。據該署107年4月考評結果，各地方衛生局均已將6項感染管制建議項目納入，以維護病人健康安全。