審計部查核發現，檔案管理局委託中央研究院近代史研究所代管之外交部國家檔案已製成數位影像檔，惟該局未能取得，影響檔案對外應用效益，經函請國家發展委員會協助協調處理。案經該會協洽後，檔案管理局已順利取得該等檔案複製品，並匯入國家檔案資訊網，開放外界查詢運用。
檔案管理局為積極徵集各機關檔案，訂有國家檔案徵集計畫，其中外交部檔案亦為國家檔案審選標的之一，該局於民國(下同)98年7月間考量審選應移轉之外交部檔案，多數已寄存中央研究院近代史研究所檔案館，典藏環境良好，爰與該所簽訂委託代管契約，迄至103年11月間，配合新莊國家檔案庫房完工啟用，始終止代管契約，將相關檔案搬遷回國家檔案庫房。
審計部查核發現，中央研究院近代史研究所於代管上述外交部國家檔案期間，已將代管檔案製成數位影像檔，該等檔案包括：清季總理各國事務衙門、外務部、民國北洋政府時期及國民政府以後之外交部檔案，資料涵蓋時間自西元1861至1980年代，為研究近、現代中外關係最完整之史料，應用價值頗高。檔案管理局為利國家檔案開放應用，並撙節政府資源，及避免因重複數位化作業造成檔案原件之傷害，曾多次洽商中央研究院近代史研究所提供檔案影像複製品，惟無共識。審計部鑑於上開外交部檔案既經中央研究院近代史研究所於代管期間投入經費完成數位化，允宜使政府投入資源發揮最大效益，經於106年1月16日函請檔案管理局上級機關國家發展委員會協助處理。
案經審計部追蹤後續辦理情形，國家發展委員會經函洽中央研究院近代史研究所同意，由外交部代轉該批檔案複製品予檔案管理局，檔案管理局於取得該等檔案複製品後，已於106年11月15日完成影像處理並匯入國家檔案資訊網，供外界查詢。據檔案管理局統計，106年11月15日至107年4月30日，機關(構)檢調及民眾申請應用外交部檔案數量計140人次，申請及提供數量612案又23件，已發揮該等數位化檔案建置效益。