審計部高雄市審計處(下稱高雄市審計處)查核發現，高雄市政府地政局(下稱地政局)核發公司行號地上改良物補償費，未依規定列單申報主管稽徵機關，及填發免扣繳憑單予納稅義務人，經函請檢討改善，該局已補申報，增益公庫收入，並維護租稅公平。
依財政部民國(下同)86年5月5日函釋，公司因政府區段徵收領取地上改良物補償費無免納所得稅規定之適用，應列為其他收入；另據財政部高雄國稅局表示，該函釋一般徵收案件亦適用；又所得稅法第89條第3項規定，機關每年所給付不屬該法規定之扣繳範圍，而未經扣繳稅款者，應列單申報主管稽徵機關，並將免扣繳憑單填發納稅義務人。高雄市審計處於106年3月查核發現，地政局105年度辦理一般徵收並完成發價作業者，計有岡山魚市場遷建工程等17案，其中核發公司行號地上改良物補償案件計3筆、金額196萬餘元，惟未依規定列單申報主管稽徵機關，並將免扣繳憑單填發納稅義務人，經於106年6月6日函請檢討改善。
嗣經高雄市審計處追蹤改善結果，地政局業於106年6至8月全面清查上開105年度3筆及前5年度未逾稅捐核課期間之徵收案件，填發免扣繳憑單予納稅義務人合計15筆、金額1,991萬餘元，並於106年8月24日列單申報主管稽徵機關，且經各該公司所在地稅捐稽徵機關(財政部臺北國稅局、南區國稅局及高雄國稅局)查處，截至107年3月底止，除1筆已併入公司105年度營利事業所得稅結算申報案件，於107年度審理課徵外，餘14筆計補徵所得稅額及罰鍰131萬餘元，增益公庫收入，並維護租稅公平。