審計部交通建設審計處(下稱交通建設審計處)查核發現，交通部民用航空局(下稱民航局)聘用航空安全檢查員(下稱檢查員)執行飛安監理檢查業務，惟其查核作業鐘點費之核發，間有部分檢查員未實地查核或未具相關資格等情事，致生未符合行政院原核定鐘點費支給表規定之疑義，經函請交通部督促研謀改善，業已修正相關支給規定，訂定明確規範。
民航局為對航空公司有效監督，以符合國際民航公約對飛安監理之規範，於民國(下同)85年間報經行政院專案核准擴充飛安檢查人力，近年來聘用檢查員約70餘人，該局鑑於檢查員事涉航務與機務查核之飛安專業，與業界實際所得頗有差距，採加發鐘點費方式彌補，每年核發各類查核作業鐘點費約5,870萬餘元。經交通建設審計處查核發現，部分檢查員實際工作內容為書面審核文件等，並未實地赴受檢單位查核，惟仍支領鐘點費；及部分未具航務檢查員資格人員執行航路檢查作業，仍依航務檢查員標準支領鐘點費等，有違行政院原核定之支給規定，經於103年4月15日函請交通部督促檢討釐清。
嗣經交通建設審計處追蹤改善情形，民航局已檢討修正「交通部民用航空局航空安全檢查及飛航測試執行要點」，增訂檢查員執行文件檢查工作得報支鐘點費時數之上限比率(35％)規定，及研修「交通部民用航空局飛航測試及各類查核作業鐘點費支給表」，明定未具航務檢查員資格人員實際執行航路檢查作業每月得報支該項作業鐘點費時數為5小時(原規定10小時)，並經行政院於107年1月8日核定自同年1月1日起實施。