審計部查核發現，部分機關採購稽核小組辦理稽核案件逾1年以上未傳輸稽核報告或意見，且稽核作業系統無管控提出稽核報告期程機制，經函請行政院公共工程委員會(下稱工程會)檢討改善。該會已督促相關採購稽核小組清查補登民國（下同）103至105年度尚未傳輸稽核報告或意見之稽核案件，並於稽核作業系統增修相關欄位及功能，以提升稽核監督執行效率。
依政府採購法第108條第1項規定，中央及直轄市、縣（市）政府應成立採購稽核小組，辦理稽核監督採購事宜。截至105年度止，已成立採購稽核小組37個（不含工程會中央採購稽核小組），其中部會署採購稽核小組15個、地方政府採購稽核小組22個。工程會為推動採購稽核結果e化，於「政府電子採購網」中建置稽核作業系統，供採購稽核小組登載稽核監督情形。審計部於106年2月查核發現，103 至105年度部會署及地方政府採購稽核小組分別辦理採購稽核監督案件6,925件、12,614件，合計19,539件，尚具成效。惟各採購稽核小組於稽核作業系統登載稽核日期，逾1年未傳輸稽核報告或意見者達1,298件，且稽核作業系統未設置「提出稽核監督報告日期」等欄位，協助採購稽核小組管控提出稽核報告期程等情事，經函請工程會督促檢討改善，並研謀具體改善措施。
嗣經審計部追蹤改善情形，工程會已函請相關採購稽核小組清查補登103至105年度尚未傳輸稽核報告或意見之稽核案件；另為提升稽核監督執行效率，於稽核作業系統新增「陳核報告日期」等欄位，並增設稽核缺失逾期未傳輸追蹤管制情形之警示通知及檢核稽核作業傳輸日期之合理性等功能，於107年3月23日上線啟用。