審計部高雄市審計處(下稱高雄市審計處)查核發現，高雄市稅捐稽徵處(下稱稅捐處)辦理地價稅及房屋稅稽徵作業，對於列管適用田賦優惠之土地，部分已供作違章工廠及倉庫等用途，未依規定課徵地價稅，暨部分未辦理工廠登記之違章工廠未依規定課徵房屋稅，經促請檢討改善，已依法補徵稅額並加強清查稅籍資料，維護租稅公平及落實掌握稅源。
依土地稅法第22條及平均地權條例第22條等規定，非都市土地依法編定之農業用地或未規定地價者，徵收田賦，但都市土地合於規定者，亦同；另房屋稅條例第5條規定，房屋同時作住家及非住家用者，應以實際使用面積，分別按住家用或非住家用稅率，課徵房屋稅；又據財政部民國(下同)69年7月16日台財稅字第35758號函釋，房屋凡供營業用者，不論營利事業有否取得執照，均應按營業用稅率課徵房屋稅，無照違章建築房屋自不例外。高雄市審計處於105年10月運用電腦稽核軟體及地理圖資系統，勾稽台灣電力公司電表資料及該處地價稅及房屋稅資料查核發現，稅捐處105年度辦理地價稅及房屋稅稽徵作業，核有部分列管適用免徵田賦優惠之土地，供作違章工廠或倉庫等用途之建物使用；部分未辦理工廠登記之違章工廠或倉庫查無房屋稅籍資料，漏未依法課徵地價稅及房屋稅，經於106年1月11日函請檢討改善。
嗣經高雄市審計處追蹤改善情形，稅捐處自106年2月至107年4月底止，已完成清查及辦理相關稅籍資料釐正，補徵地價稅暨房屋稅計2,818件，金額3,780萬餘元，並加強地價稅及房屋稅清查工作，以維護租稅公平。