審計部臺北市審計處(下稱臺北市審計處)調查發現，臺北市政府捷運工程局(下稱捷運局)於捷運系統後續路網興建期間舉債代墊其建設計畫之自償性經費，惟捷運建設計畫陸續完工通車營運後，捷運局未就營運單位-臺北大眾捷運股份有限公司(下稱臺北捷運公司)實際經營狀況，評估其償債能力及提出自償性經費償還措施，迭經促請檢討改善，已召開會議擬訂償債方案。 行政院核定之捷運系統後續路網財務計畫，皆列有自償性經費，興建期由地方政府(興建機關)代為舉借支應，完工通車後由營運單位償還貸款本金及剩餘利息。捷運局辦理捷運系統後續路網南港線東延段、新莊線及蘆洲支線、信義線等建設計畫，分別於民國(下同)100年2月、101年9月、102年6月及102年11月完工通車營運，該局舉債代墊各路線自償性經費合計高達138億8,435萬餘元。臺北市審計處自100至106年間查核發現，上開路線完工通車後，該局未就捷運營運單位實際經營狀況，評估其償債能力，檢討並提出償還措施，逕將相關債務悉數列為當年度總決算之自償性債務，且遲未納入公共債務法債限管制，核與公共債務法規定未合，經於101年5月至106年5月多次函請檢討改善。 嗣經臺北市審計處追蹤改善情形，臺北市政府已於106年6月決議分別由臺北捷運公司提撥捷運營運收入及臺北都會區大眾捷運系統土地開發基金(下稱土開基金)之捷運聯合開發收益等財源，撥還捷運局歷年舉債代墊款，預估償還期限至134年。臺北捷運公司自107年度起，將逐年提撥變動租金1/2及超額盈餘返還捷運局，該局107年度亦已編列收回代墊款之歲入預算11億3,172萬餘元；土開基金則於106年度追加償還預算16億元，並已於107年2月撥還捷運局。