審計部臺灣省臺東縣審計室(下稱臺東縣審計室)查核發現，臺東縣政府辦理大武漁港航道維護及管理工作，未依漁港防治措施浚挖北側淤砂，肇致港口漂砂淤積情形屢現，漁民無法出海捕魚，經促請檢討改善，已辦理砂石浚挖並運至南岸海岸侵蝕區養灘，以維護航道暢通，並辦理砂石標售，增裕庫收。
臺東縣政府負責管理維護大武漁港，泊地面積1.89公頃，航道設計水深3.5公尺，船筏數170餘艘，其中漁筏及漁船進出漁港安全水深至少1.61公尺及3.41公尺，惟因沿岸漂砂問題屢現造成航道水深不足，於民國(下同)95至100年間，獲行政院農業委員會漁業署(下稱漁業署)補助工程經費共7,198萬餘元辦理港口航道疏浚工程，惟疏浚後，港口航道水深仍不足1.61公尺，且出海口部分地區淤積成大砂丘，屢造成漁民無法出海捕魚。臺東縣審計室於100年8月間查核發現，該府未依漁港防治漂砂措施浚挖北側淤砂，無法減少港口漂砂淤積情形，又浚挖砂石堆置於港區未辦理標售運離，致堆置空間不足，改運至南岸堆置，惟南岸隔離堤高度不足，砂石復遭越堤海浪沖刷流失，經於100年10月26日及102年1月11日分別函請檢討改善。
嗣經臺東縣審計室追蹤後續改善情形，臺東縣政府業爭取漁業署於102至104年度補助北側沿岸漂砂疏浚計畫經費共3,750萬元，完工後已減緩漂砂淤積問題；嗣行政院核定臺東縣第二期（105-108年）綜合發展實施方案，補助該府辦理漁港疏浚養灘及環境營造計畫，105年度編列經費2,560萬元，106至108年度經費各為1,600萬元。該府已加強隔離堤措施，並持續於102至106年辦理浚挖砂石運至南岸海岸侵蝕區養灘，養灘面積約4.8公頃，維護航道暢通，並將堆置港區之砂石辦理標售，數量8萬餘立方公尺，增裕庫收361萬餘元。