審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府財政稅務局(下稱財政稅務局)辦理地價稅稽徵作業，稅地種類變更未及時釐清，致不適用減免條款仍免徵或以優惠稅率核課地價稅，部分工廠登記已廢止或歇業仍減半核課地價稅，或不符合自用住宅用地要件仍以優惠稅率核課，經促請檢討改善。已全面清查及釐正稅籍資料，並依法補徵稅款，以維護租稅公平。
土地稅法第6條規定：「為發展經濟，促進土地利用，增進社會福利，對於國防、政府機關…及合理之自用住宅等所使用之土地，及重劃、墾荒、改良土地者，得予適當之減免。」財政稅務局為加強適用不同減免條件之土地案件控管，將稅地種類分為一般土地、住宅(宿舍)用地、供事業直接使用之土地、公共設施保留地、空地、與農業經營不可分離土地、三七五出租耕地、課徵田賦之一般用地及免徵田賦土地等9種，代號分別為1至9，其中代號2至9須列有減免適用條款。臺南市審計處民國(下同)105年10月運用電腦稽核軟體查核發現，部分稅地種類代號為"0"免徵地價稅之土地9,190件，未清查釐正免徵適用條款；另工廠登記已廢止或歇業，惟地價稅仍按工業用地稅率核課者3件；不符合自用住宅用地要件仍以千分之2優惠稅率核課者852件，經於106年1月15日函請查明妥處。
嗣經臺南市審計處追蹤改善情形，財政稅務局已於106年12月底完成清查稅地種類代號為"0"之土地，有456件不符合減免條件，補徵稅額108萬餘元，8,734件已依適用之減免條款釐正稅地種類代號，並加強列管優惠稅率之適用；另855件不符合工業用地稅率減免條件及自用住宅用地要件者，補徵稅額372萬餘元，合計釐正稅籍10,045件，補徵稅款480萬餘元，以維護租稅公平。