審計部臺灣省新竹市審計室(下稱新竹市審計室)查核發現，新竹市客雅溪及三姓溪出海口為國家級香山濕地保護區，為須特予保護之水體，新竹市環境保護局(下稱環保局)未訂定加嚴放流水標準，經促請檢討改善，已訂定相關標準並發布實施，落實維護濕地水質及生態。
依水污染防治法第7條第2項規定，縣市主管機關得視轄區內環境特殊或須特予保護之水體，就排放總量或濃度、管制項目或方式，增訂或加嚴轄內之放流水標準。新竹市審計室於民國(下同)106年3月查核發現，新竹市新竹科學工業園區與香山工業區之事業廢水分別流入客雅溪及三姓溪，而其出海口為國家級香山濕地保護區，且為重要牡蠣養殖區之一，89年間曾發生綠牡蠣食安事件。行政院環境保護署鑒於水中重金屬等物質經生物累積，再經人體食用易危害健康，且近年牡蠣重金屬銅濃度有上升趨勢，爰於104年間建議該市推動銅加嚴放流水標準，以督促事業自主妥善處理廢水，削減重金屬排放量，惟環保局仍未訂定，經於106年5月9日函請檢討改善。
嗣經新竹市審計室追蹤改善情形，環保局已於106年10月13日發布實施新竹市客雅溪與三姓溪及其支流加嚴放流水標準，針對轄區內範圍達87.5平方公里之事業及污水下水道系統放流水排放入客雅溪、三姓溪及其支流者，銅最大限值放流水標準由原3.0毫克/公升，分別加嚴至既設事業為1.5毫克/公升、新設事業為1.2毫克/公升。經統計106年10月13日至107年2月20日止，該局加強稽查事業141家次，均符合加嚴放流水標準，落實維護濕地水質及生態。