審計部高雄市審計處(下稱高雄市審計處)查核發現，高雄市政府海洋局(下稱海洋局)辦理各漁港基本設施管理及維護工作並收取漁港基本設施使用管理費(下稱漁港管理費)，惟部分進港船舶漏未依規定繳納漁港管理費，經促請檢討改善。已收回欠繳漁港管理費237萬餘元，並加強與各漁港安檢所資料查對頻度，強化漁港管理費收費機制，維持漁港之永續經營。
漁港法第12條規定，主管機關應逐年編列預算，辦理各漁港基本設施管理及維護工作，並向使用者收取管理費。海洋局設置7處漁港辦公室處理轄內各漁港設施管理維護事宜，漁船以外船舶之所有人或代理人於船舶離港前，應至漁港辦公室核繳漁港管理費，民國(下同)104年度編列場地設施使用費收入1,405萬餘元，執行結果，實收數1,812萬餘元，超收407萬餘元，約28.98％。高雄市審計處於105年3月運用行政院海岸巡防署海岸巡防總局(下稱岸總局)提供中芸、永新、崎漏、蚵子寮、鳳鼻頭、興達及彌陀等7處安檢所104年度高雄市第二類漁港其他船舶進出港紀錄之電子檔，與海洋局興達、蚵子寮及小港等3處漁港辦公室提供之漁船以外船舶進出漁港申請表，相互勾稽，查核發現有624筆進港之船舶未依規定繳納漁港管理費，經於105年6月3日函請查明妥處。
嗣經高雄市審計處追蹤改善結果，海洋局已自105年6月至106年12月底止清查完畢，計368筆需繳交漁港管理費，金額237萬餘元已全數繳庫，另海洋局已加強與岸總局轄管各漁港安檢所資料查對頻度，強化漁港管理費收費機制，維持漁港之永續經營。