審計部查核發現，國內事業廢棄物之清理及再利用情形，因公民營掩埋場剩餘容量漸趨飽和、焚化處理之餘裕量能不足，及部分一般事業廢棄物後端再利用成效不佳，肇生一般事業廢棄物恐面臨無最終處置設施等情事，經函請行政院督促權責機關檢討改善。環境保護署(簡稱環保署)已增加廢棄物清除、處理機構許可量容許彈性，並提供現行污泥處理技術及後端產品可適用或對應之相關標準等多項改善措施。
環保署為強化事業廢棄物管制工作，於民國(下同)89年間成立「事業廢棄物管制中心」，並建置「事業廢棄物申報及管理資訊系統」以有效掌握廢棄物流向（如圖）。嗣自91年度起分批公告以清運機具加裝即時追蹤系統(GPS)方式，進行事業廢棄物清運過程之全程軌跡監控，以掌握事業廢棄物流向。另有關事業廢棄物之再利用，內政部營建署、財政部、經濟部、教育部、交通部、衛生福利部、科技部、農業委員會及國家通訊傳播委員會等中央目的事業主管機關，已依廢棄物清理法規定分別訂定所管事業之事業廢棄物再利用管理辦法，促使事業機構妥善處理其廢棄物。105年度依廢棄物清理法等相關規定，列管一般事業申報事業廢棄物產出量合計約1,761萬餘公噸，其中以「再利用」1,394萬餘公噸為最高，另交由公民營、各相關部會共同或輔導設置之處理機構及最終處置機構處理者258萬餘公噸，一般事業廢棄物再利用率約84.34％。
審計部派員調查執行情形發現：（一）現行公民營掩埋場剩餘容量漸趨飽和，一般事業廢棄物最終處置設施之開發設置又未如預期，且部分一般事業廢棄物後端再利用成效不佳，環保署未積極協調相關部會加速研訂產品品質規範，並就公共工程使用再利用產品研議使用率及使用範圍，一般事業廢棄物恐面臨無最終處置設施之困境等；（二）民營處理機構焚化處理一般事業廢棄物餘裕量能不足，多數一般事業廢棄物仍需進入全國24座大型垃圾廠焚化，另廢棄物清理法第28條第6項修正後，大型垃圾焚化廠須優先處理一般廢棄物，一般事業廢棄物恐無處焚化處理之問題，更形嚴峻等情事，經依審計法第69條第1項規定，於106年6月7日函請行政院督促研謀改善。
案經審計部追蹤改善情形，行政院已督促環保署增加廢棄物清除、處理機構許可量容許彈性；提供現行污泥處理技術及後端產品可適用或對應之相關標準；共同推動底渣及爐碴等再利用於公共工程；及持續活化公有掩埋場增加掩埋空間等措施，以提升最終處置設施量能。另為暢通事業廢棄物處理管道，環保署將繼續輔導申設中之民營處理機構，並持續推動廢棄資源物減量回收再利用，設置「再生資源回收再利用促進委員會」，加強推動源頭減量與資源回收再利用等推動策略。