審計部臺灣省花蓮縣審計室(下稱花蓮縣審計室)查核發現，花蓮縣地方稅務局(下稱稅務局)辦理礦石開採特別稅徵收作業，未能掌握礦業權者於花蓮縣境內礦石開採量，致有短徵，另銷售礦石未依規定開立統一發票等情事，經函請檢討改善。各稽徵機關已補徵稅款6,859萬餘元，並訂定抽核作業執行計畫，以防杜逃漏特別稅，維護租稅公平。
花蓮縣政府為衡平礦石開採對山林保育及自然景觀之影響，並充裕財源，於民國(下同)98年1月12日訂定花蓮縣礦石開採特別稅自治條例，該條例第5條規定，本特別稅之納稅義務人為開採礦石之礦業權者。又依加值型及非加值型營業稅法第32條規定，營業人銷售貨物應依規定時限開立統一發票交付買受人。98年2月至103年12月稅務局獲經濟部礦務局通報各礦業權者於花蓮縣礦石開採量1億889萬餘公噸，經開徵礦石開採特別稅6億2,698萬餘元。花蓮縣審計室於104年10月查核發現，部分礦業權者涉有短漏報銷售額，爰函請國稅局參處，嗣審核該局函復資料發現，部分礦業權者涉有短報開採量而逃漏礦石開採特別稅情事，經於105年4月至106年4月間函請稅務局檢討改善。
嗣經花蓮縣審計室追蹤改善情形，據統計105年4月至107年1月間，國稅局補徵營業稅、營利事業所得稅及綜合所得稅，計5,662萬餘元；稅務局補徵礦石開採特別稅1,196萬餘元，合計6,859萬餘元。另稅務局已於106年7月訂定礦石開採特別稅抽核作業執行計畫，定期抽核礦業權者之礦石開採量，防杜逃漏特別稅，維護賦稅公平。