審計部查核發現，中央部分業務主管機關研擬稅式支出法規，其所研擬之可行性與效益分析及稅收損失估算等資料，未依規定程序俟財政部複評通過後，再陳送行政院審查，經促請檢討改善。業已補正完成或刻正補辦複評中，並請中央各業務主管機關依規定流程辦理評估作業。
行政院為健全財政，並增進整體經濟效益，於民國（下同）92年7月18日訂頒稅式支出評估作業應注意事項（以下簡稱注意事項），其第4點規定，業務主管機關研擬稅式支出法規，於研議可行並具效益後，應將研議之可行性與效益分析及稅收損失估算等資料，移請財政部評估，經確認可行後，將評估方案及擬訂之法規循程序陳送行政院審查。審計部於106年4月間查核發現，貨物稅條例第12條之3修正草案等5項租稅減免法案，業務主管機關未依上開規定流程辦理，逕於財政部完成複評其所送稅式支出評估相關資料前，即將法案函送行政院審查，且行政院審查通過後，尚未待財政部完成複評結果，即送請立法院審議，允宜遵行制度規範流程，經於106年8月25日函請行政院秘書長研謀改善。
嗣經審計部追蹤改善情形，其中4案業已補正完成財政部之複評作業，餘1案刻正補辦複評中；另財政部已於106年11月22日函請中央各業務主管機關依注意事項規定辦理，完成稅式支出(含實施成效)評估相關作業流程，並將報告內容公開於機關網站。