我國政府為解決都市化人口持續排放大量家庭污水，嚴重影響環境衛生之民生議題，自民國81至97年度間推動三期污水下水道建設計畫，惟我國污水下水道建設仍遠遠落後於歐美先進國家。審計部鑑於第四期建設計畫（民國98至103年度）將再投入經費2千餘億元，建設規模遠超過前三期建設計畫總經費，爰擇定各級政府污水下水道建設計畫執行情形，辦理專案審計。
本計畫經審計部暨所屬各地方審計處室聯合調查結果，於「建設計畫擬訂與經費來源」、「政府自辦系統」、「促參系統」、「計畫效益」等4個查核面向，發現若干制度規章缺失或設施不良等情事，審計部已依審計法第69條後段規定，彙總各類缺失與問題分別向行政院及內政部研提計22項建議改善意見，並獲其回復處理情形，或擬具改善措施。另本部調查發現內政部營建署執行污水下水道第一至三期建設計畫過程，核有：(一)推動建設十餘年，仍未有效排除興建、營運與管理之障礙，影響計畫效益達成；(二)民間參與政策推動不力，肇致污水下水道普及率無法快速提昇；(三) 未妥善督導管控污水處理廠與污水管道建設時程，或處理廠施設位址，造成已完工設施（備）閒置，無法充分發揮執行效益；(四)未優先推動已完成處理廠之用戶接管工程，致其處理效能過低，且工業區處理廠納接生活污水之執行成效不彰等未盡職責及效能過低情事，審計部業於99年6月2日依審計法第69條規定通知其上級機關內政部查明妥適處理，並報告監察院。