審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市漁港及近海管理所(下稱漁港所)辦理安平漁港環境及設施管理維護等業務，未妥為管理漁船停泊秩序，致漁港內間有違規私設繫船棚架及棄置無籍船筏等亂象，影響港區景觀及排擠合法船筏停泊空間，經促請研謀改善。漁港所已陸續進行環境維護及空間整頓作業，改善港區景觀，恢復經典魅力漁港樣貌。
臺南市安平漁港陸海域面積約191.95公頃，可停泊各式漁船及舢舨計822艘，自西元1823年開港，歷史悠久，文化景觀豐富，為全國著名之觀光遊憩景點，民國(下同)98年獲行政院農業委員會漁業署選為十大經典魅力漁港，為兼具漁業及觀光休閒之漁港，漁港所每年辦理安平漁港環境之管理維護工作經費約600萬元，以提供漁民良好作業環境及民眾優質旅遊場所。臺南市審計處於103年10月查核發現，安平漁港碼頭沿岸多見違規私設之繫船棚架、載具倉庫及廢棄漁網(具)雜物等，部分泊區遭棄置之無籍船筏占用，排擠合法船隻停泊空間，環境管理維護作業未盡周妥，經於103年11月函請檢討改善。
經臺南市審計處追蹤改善結果，漁港所自104年起陸續進行違規設施清查及空間整頓工作，清除任意堆置於碼頭之漁網漁具等雜物，及於泊區內違規設置之水面浮標、立標、栓繫纜繩與棚架，106年11月更針對違停船筏較嚴重之深水泊區等3區，進行14艘無籍船筏移除作業，並重新規劃港區船筏停泊區位約800席及提供漁具倉庫119間予漁民借放漁網(具)，整頓港區景觀及照顧漁民需要，維護合法漁民權益，並恢復經典漁港樣貌。