審計部臺灣省苗栗縣審計室(下稱苗栗縣審計室)查核發現，苗栗縣政府辦理促進民間參與苗栗縣竹南頭份污水下水道系統(BOT)建設計畫，民間機構未依投資契約規定自簽約日之翌日起6年內，完成規定之接管戶數，該府未督促民間機構儘速繳納逾期違約金，經函請檢討改善。已依投資契約規定收繳逾期違約金5,360萬元。
苗栗縣政府於民國(下同)98年間辦理促進民間參與苗栗縣竹南頭份污水下水道系統(BOT)建設計畫，並於98年3月24日與民間機構簽定投資契約，民間總投資金額44億餘元，計畫許可年限計35年，內容包含水資源回收中心、竹南頭份地區污水下水道主幹管、次幹管及分支管等設施規劃、設計、興建及營運。苗栗縣審計室於106年2月查核發現，依計畫投資契約規定，乙方應自簽約日之翌日起6年內完成用戶接管16,342戶，惟民間機構未依規定於104年3月24日完成接管戶數，迨至105年3月24日始達成，且以申請展延工期為由不繳納逾期違約金，致生履約爭議，該府迄至106年2月8日止，歷經11個月餘，仍未完成督促民間機構繳納逾期違約金，爰於106年2月18日函請該府檢討改善。
嗣經苗栗縣審計室追蹤改善結果，苗栗縣政府已於106年3月20日召開履約爭議協調會，經民間機構認同逾期違約金5,360萬元事實，並於同年8月28日完成繳納。另該府為防杜類此情事再發生，已於同年11月3日函請履約管理單位每月提報定期工作報告、分別按週巡查及按月查核嚴密控管後續用戶接管履約進度，督請民間機構積極趕工。