審計部臺灣省新竹市審計室(下稱新竹市審計室)查核發現，新竹市稅務局(下稱稅務局)辦理房屋稅、地價稅、車輛使用牌照稅及印花稅稽徵作業，間有未適時清查減免或優惠條件之適用，及課稅資料勾稽查核間有疏漏等未覈實課徵情形，經促請檢討改善，已依法補徵稅款並重新清查及釐正稅籍資料，以維護租稅公平。
依新竹市房屋稅徵收率自治條例第2條規定，供自住、非自住及營業使用之房屋稅率分別為1.2％、1.5％及3％；財政部民國(下同)80年11月28日台財稅字第800421421號函釋，原課徵田賦之土地，部分變更為非農業用地使用，應按其實際使用面積，分別課徵田賦及地價稅；使用牌照稅法第28條規定，逾期未完稅及報停、繳銷或註銷牌照之交通工具，使用公共水陸道路經查獲者，除責令補稅外，處以罰鍰；印花稅法第7條及第8條規定，承攬契據由立約或立據人貼印花稅票，稅額巨大不便貼用者，得請由稽徵機關開給繳款書繳納之。新竹市審計室於105年11月查核發現，稅務局對部分營業人設籍及出租非自住使用之房屋，未分別依營業用及非自住使用房屋稅率課徵者326件；部分原課徵田賦之土地，有非屬農舍或農業用房屋，及地價稅與土地增值稅稅種不符情事者108件；部分使用牌照稅欠稅，及車輛牌照狀態為註吊銷，惟有使用公共道路停車或車輛違規紀錄而無牌照稅裁罰紀錄者706件；於焚化掩埋廠(場)進場清運之廠商、已申報建築開工及已開立營建工程空氣污染防制費之廠商無大額繳納印花稅紀錄者25件，經於106年1月10日函請檢討改善。
嗣經新竹市審計室追蹤改善情形，稅務局自106年2月起已重新清查減免條件之適用情形，並釐正稅籍，加強課稅資料勾稽查核機制，截至106年8月底止，已依法補徵上述房屋稅、地價稅、牌照稅及印花稅計1,165件、金額755萬餘元，以維護租稅公平。