審計部查核發現，中央健康保險署(下稱健保署)補助鄉鎮市區公所辦理健保業務行政經費，未辦理訪查作業，且有部分公所未依規定繳回補助經費賸餘款，經函請衛生福利部查明妥處，督導建立管考機制。嗣經該署清查結果，合計收回賸餘款295萬餘元，並增訂相關管考規定，健全管控機制。
健保署依據行政院秘書處民國86年6月6日召開研商「中央健康保險局補助公所辦理健保業務經費方案」會議之決議，補助鄉鎮市區公所辦理第六類保險對象健保業務之人事行政費用，依其在保人數，對轄內未滿1萬人、1萬人以上者，每年分別提供29萬9,000元、44萬8,500元之補助經費，民國105年度合計補助1億2,374萬餘元。審計部查核發現，健保署自民國102年度起，未再辦理訪查作業，且有部分公所未依規定繳回補助經費賸餘款，經函請衛生福利部查明妥處，督導建立管考機制。
嗣經審計部追蹤後續辦理情形，健保署經清查結果，計有18家公所查有賸餘款，合計收回295萬餘元，並修正「衛生福利部中央健康保險署補助地方政府之鄉（鎮、市、區）公所辦理第六類保險對象健保業務處理原則」，增訂相關管考規定，健全管控機制。