審計部查核發現，經濟部水利署(下稱水利署)辦理之「港尾溝溪排水中游疏洪工程」，於規劃及工程設計階段漏未將中洲排水量納入考量，低估洪峰流量及水流沖刷潛勢，且未施作渠底保護工，致堤岸甫完工即因雨塌陷，經促請檢討改善，該署已訂定設計作業相關注意事項，避免設計疏漏情事重蹈覆轍，並經重新檢討水理分析後，完成工程復建加固作業，恢復設施疏洪功能。

水利署為解決臺南市仁德區長年水患問題，提出港尾溝溪中游設置疏洪道之規劃，將該溪上游水量分洪至二仁溪排放，報經行政院核定納入「易淹水地區水患治理計畫」辦理，該工程共分為6件標案，總決標金額8億8,132萬元，於民國(下同)102年7月至103年6月間陸續完工，惟完工後未久即於同年8月間因豪雨造成疏洪道堤岸坍塌約170公尺，嚴重影響疏洪功能。審計部稽察發現，水利署於工程規劃、設計及審核階段，均未將集水區內之中洲排水納入考量，低估洪峰流量及水流沖刷潛勢，造成工程設施保護程度低於規劃治理標準，又未審慎評估疏洪道渠底沖刷風險，適切施作渠底保護工，以致堤岸甫完工即因雨塌陷，經通知經濟部督促水利署檢討防杜類此缺失發生，並積極趕辦復建措施。

嗣經審計部追蹤改善情形，水利署為避免因設計疏漏而重蹈覆轍，已於104年4月24日訂定「經濟部水利署辦理樁材應用於河川排水工程設計注意事項」、「經濟部水利署防洪工程地質調查注意事項」及「經濟部水利署分、疏洪道規劃設計注意事項」等，作為將來工程設計及施工之參考，並已覈實依照疏洪水量重新檢討水理分析後，於105年3月完成復建工作，恢復疏洪工程應有功能，迄至105年底止，已歷多次颱風豪雨侵襲，計分洪14次，有效改善港尾溝溪排水下游之仁德及保安工業區與鄰近地區之淹水風險程度。