審計部查核發現，行政院農業委員會農業金融局（下稱農業金融局）常年以固定利率作為政策性農業專案貸款（下稱專案農貸）利息差額補貼基準，未適時隨市場利率及經濟情勢變化調整，有偏離市場實況及過度補貼之虞，經函請農業金融局檢討妥處。該局已修正相關規範及調降補貼基準，有利政府資源有效運用。
農業金融局為提升金融機構承作專案農貸案件意願，訂有專案農貸利息差額補貼基準，由農業發展基金及農業天然災害救助基金逐年編列預算，補貼經辦金融機構作業成本及風險，民國（下同）102至104年度補貼金額分別為31億3,445萬餘元、26億2,456萬餘元及23億526萬餘元。審計部查核發現，上開專案農貸利息差額補貼基準係固定利率，與政府其他政策性貸款採浮動利率不同，未隨市場利率及經濟情勢變化適時調整，且該局未訂定檢討機制，常年以固定利率補貼經辦金融機構，有偏離市場實況及過度補貼之虞，致部分借戶於申貸後未將資金用於農漁業經營移作他用，經於104年12月23日函請該局檢討妥處。
嗣經審計部追蹤改善情形，農業金融局已參考中央銀行重貼現率變動情形，修正辦理政策性農業專案貸款辦法，迄至106年8月31日業調降專案農貸補貼基準0.28個百分點，節省政府支出2億8,581萬餘元，有利政府資源有效運用，另已委外研究利率制度化之可行性，逐步完善相關管控機制。