審計部教育農林審計處(簡稱教育農林審計處)查核發現，科學工業園區管理局作業基金（簡稱園區作業基金）整體營運結果雖有賸餘，惟逾6成之科學工業園區仍入不敷出及開發效益欠佳等情事，經函請科技部檢討改善，並於民國(下同)104年度中央政府總決算審核報告中揭露。嗣監察院立案調查後，糾正科技部。

 

園區作業基金截至105年底止，累計投入開發成本2,665億餘元；近5年度(101至105年度)基金整體賸餘，已由101年度之10億7,682萬餘元，成長至105年度之29億7,914萬餘元。惟13個園區中，實際營運賸餘者僅新竹等5個園區，營運短絀者計有8個園區，其中銅鑼、宜蘭、二林及中興新村高等研究園區等4個園區，因廠商進駐率偏低，無法彌平巨額園區開發成本之折舊攤提等因素，造成虧損持續加劇且營運短絀創歷年新高，開發效益欠佳等情事。教育農林審計處於105年6月4日函請科技部檢討改善。嗣監察院依據審計部104年度中央政府總決算審核報告揭露之重要審核意見立案調查後，於106年7月13日糾正科技部。(詳監察院公報第3046期)