審計部臺灣省嘉義縣審計室(下稱嘉義縣審計室)查核發現，嘉義縣財政稅務局使用牌照稅稽徵業務全部委託公路監理機關代為辦理，惟未就近年度使用牌照稅實徵數及處理量進行趨勢分析，確實評估稽徵業務全部委託及部分收回自辦之手續費差異狀況，研議適切之作業方式，經函請檢討改進。該局自民國(下同)105年度起將部分使用牌照稅稽徵業務收回自行辦理，減少稽徵費用。
財政部賦稅署於98年間函示有關各稅捐稽徵機關使用牌照稅委託各公路監理機關代徵契約，自99年度起，得選擇「維持現狀」及「部分收回自辦」兩者擇一方式辦理。嘉義縣審計室於102年11月查核發現，嘉義縣財政稅務局辦理使用牌照稅稽徵業務全部委託公路監理機關代為辦理，委託代徵費率為當年度使用牌照稅實徵數之1.176％，101年度代徵費用及處理成本計1,383萬餘元，惟該局未參酌上開函示就近年度使用牌照稅實徵數及處理量進行趨勢分析，核實評估全部委託代徵及部分收回自辦等2種作業方式所需處理成本及代徵費用節省效益之差異情形，研議適切之稽徵作業模式，經於103年2月間函請該局檢討改進。
嗣經嘉義縣審計室追蹤改善結果，嘉義縣財政稅務局自105年度起，將部分使用牌照稅稽徵業務，如開徵及催繳作業等收回自辦，代徵費率由1.176％降為0.912％，代徵費用及處理成本由104年度之1,605萬餘元減少為1,244萬餘元，節省360萬餘元。