審計部教育農林審計處(簡稱教育農林審計處)查核發現，文化部暨所屬衛武營藝術文化中心籌備處辦理該中心興建計畫，於擬定階段未翔實評估營運及風險管理、未先進行財務分析即決定大幅擴增該廳院規模，且未考量工程性質複雜程度妥為協調整合各標施工界面等，致原訂民國(下同)98年12月底竣工，後延至106年10月底，計畫期程展延7年餘，經費由83.6億元增為107.545億元等缺失，經陳報監察院，業由該院糾正文化部暨所屬衛武營藝術文化中心籌備處。
文化部為提振南部藝文生態，落實民眾參與表演藝術活動的文化公民權，辦理衛武營藝術文化中心興建計畫。教育農林審計處稽察發現，文化部暨所屬衛武營藝術文化中心籌備處於該中心興建計畫擬定階段，對於營運及風險管理等均未翔實評估，又未先進行財務分析即貿然決定大幅擴增該廳院規模，肇致硬體經費驟增，並大幅增加未來營運補助支出，加劇政府財政負擔，計畫評估顯未切實；未考量工程性質複雜程度妥為協調整合各標施工界面，肇致各標界面衝突頻仍、工序紊亂，致使工期一再展延，並衍生設備受潮受損，恐有遭廠商求償或完工驗收後即因不堪使用需予汰換情事，原訂98年12月底竣工，後延至106年10月底，計畫期程展延7年餘，經費由83.6億元增為107.545億元等缺失情事，經於105年3月9日陳報監察院。嗣經該院立案調查結果，於106年8月10日提案糾正文化部暨所屬衛武營藝術文化中心籌備處。(詳監察院公報第3050期)