審計部教育農林審計處(下稱教育農林審計處)查核發現，教育部為督促學校財團法人及所設私立學校建立內部控制制度與實施自我監督，訂定「學校財團法人及所設私立學校內部控制制度實施辦法」，惟未將非財務資訊報導可靠性納入內部控制目標，經函請檢討改善。業修正實施辦法納入非財務資訊報導，以發揮實質功能。
教育部為督促學校財團法人及所設私立學校建立內部控制制度，對人事、財務、學校營運等實施自我監督，於民國(下同)98年12月依私立學校法第51條規定，訂定「學校財團法人及所設私立學校內部控制制度實施辦法」，並於101年5月參考美國反舞弊性財務報告委員會所屬發起組織委員會(Committee of Sponsoring Organizations of the Treadway Commission，簡稱COSO)有關建立內部控制之目的，研修上開實施辦法，將相關法令之遵循納入內部控制制度之主要目標。教育農林審計處分別於104年4月與105年3月查核發現，COSO委員會於西元2013年更新「內部控制整體架構」報告，內部控制「財務報導可靠性」修正為「報導可靠性」，並將非財務資訊報導可靠性納為內部控制目標之一，惟教育部未配合修正上開實施辦法，經函請檢討改善，以確保內部控制目標之完整性。
嗣經教育農林審計處追蹤改善情形，教育部業參酌COSO委員會規範，於106年5月12日修正發布「學校財團法人及所設私立學校內部控制制度實施辦法」，明定學校財團法人及所設私立學校應建立內部控制制度，並達成下列目標：(一)營運之效果及效率，包括辦學成效及保障資產安全等目標；(二)報導之可靠性、及時性及透明性，其所稱之報導，包括內部及外部財務報導與非財務報導；(三)相關法令之遵循等，以涵蓋內部控制完整概念，發揮實質功能。