審計部臺灣省澎湖縣審計室(下稱澎湖縣審計室)查核發現，澎湖縣部分食品業者未依規定於食品登錄平台申報及確認登錄內容，澎湖縣政府衛生局(下稱衛生局)亦未辦理登錄內容之查核作業，經促請檢討改進。已輔導業者完成年度登錄確認，並辦理廠商登錄內容查核，確保業者基本資料及產品資訊之正確性，強化食品安全管理制度。
衛生福利部於民國(下同)102年12月訂定食品業者登錄辦法，並建置登錄平台，自103年起供食品業者上網登錄。按上開辦法，經該部公告類別及規模之食品業者應於該平台登錄基本資料、產品資訊、產銷行為說明等資訊，並應於每年7月辦理申報確認登錄內容，以落實自主管理。衛生局為維護食品衛生安全，104、105年度分別編列預算220萬元、233萬餘元辦理食品衛生管理提升計畫。澎湖縣審計室於105年3月間查核發現，截至104年底止，已登錄食品業者家數為1,463家，尚有部分業者未辦理登錄；已登錄業者計有494家未依規定辦理年度申報確認作業，衛生局亦未施以查核確保登錄內容之正確性、及時性及完整性，經於105年4月26日函請檢討改進。
嗣經澎湖縣審計室追蹤改善情形，衛生局於105年5月至12月間已再積極輔導1,648家食品業者辦理登錄，另督促業者自105年7至12月完成登錄平台年度確認，及查核109家廠商登錄內容，以強化食品安全管理制度。