審計部臺灣省新竹市審計室(下稱新竹市審計室)查核發現，新竹農產運銷股份有限公司對進場果菜農藥殘留檢驗不合格者，未依該公司規定當場辦理複驗，亦未立即於當日停止供貨，食材安全管制欠當，經促請研謀改善，已修正該公司相關作業要點，維護食材安全。
新竹農產運銷股份有限公司為加強果菜農藥殘留檢驗，防止農藥殘留量超過標準之果菜流入市面販售，以維護消費者健康，訂有新竹農產運銷股份有限公司進場果菜農藥殘留檢驗處理要點，規定果菜農藥殘留量抑制率介於35％至44％者，通知業者並開立違規勸導單後當場再行複驗，次日如未改善者，應予停供該項蔬果5日之處分。另行政院農業委員會農業試驗所之蔬果農藥殘毒快速檢驗工作站工作流程規定，果菜農藥殘留量檢驗不合格者，應由檢驗單位通知供貨人停止供貨。新竹市審計室於民國（下同）105年間查核發現，新竹農產運銷股份有限公司辦理農藥殘留檢測作業，對於進場果菜農藥殘留量抑制率介於35％至44％者，未依該公司規定當場進行複驗，而俟次營業日再進行複驗，又對於檢驗不合格之產品未立即於當日停止供貨，食材安全管制欠當，經於105年10月27日函請檢討改善。
嗣經新竹市審計室追蹤改善結果，新竹農產運銷股份有限公司業於105年12月完成修正「新竹農產運銷股份有限公司進場果菜農藥殘留檢驗處理要點」，規定果菜農藥殘留量經檢驗抑制率介於35％至44％者，經當場複驗未改善者，應由檢驗單位通知供貨人當日停止供貨、連續3天對該產地或該供應商之同樣貨品進行檢驗，及通知產地或供應人改善，以提供安心蔬果食材，促進民眾「食」的安全。