審計部查核發現，法務部廉政署雖於民國（下同）102年4月30日函頒「機關推動行政透明措施建議作法」，惟不具強制性，復因部分中央政府機關(含營業、非營業特種基金)對於行政透明之了解，尚侷限於資訊公開法規定應主動公開資訊之範疇，未能循內部控制制度及標準作業程序，確實檢視作業流程，並辨識業務潛在及可能影響政府公信力之風險，致影響實際執行成效，經建請行政院督促研謀妥處，法務部廉政署已訂定行政院及所屬機關（構）推動行政作業流程透明原則。
行政院為落實聯合國反貪腐公約，於98年7月8日訂定國家廉政建設行動方案，法務部廉政署並據以於102年4月30日函頒「機關推動行政透明措施建議作法」，及訂定「政風機構協助機關推動行政透明措施實施計畫」，期透過建置具體透明化措施，引進外部監督力量，降低弊端發生機率。案經審計部派員調查中央政府各機關行政透明措施執行情形，核有：（一）聯合國反貪腐公約已內國法化，為落實公約施行法所揭示促進政府機關透明與課責制度之目標，允宜儘速完備行政透明相關指導原則、衡量標準及教育訓練等配套措施；（二）各機關業務具有全國共通性且風險程度較高者，其行政透明措施項目及作法，允宜由中央權責機關統一研訂，避免同類型業務行政透明化程度不一；（三）國家廉政建設行動方案雖已要求各機關推動行政透明，建立公開機制，廉政署並據以函頒機關推動行政透明措施建議作法，惟因不具強制性，影響實際成效等情事，經依審計法第69條後段規定，於104年6月15日建請行政院督促研謀妥處。
案經審計部追蹤改善情形，行政院已責由法務部廉政署就行政作業流程透明之標準、推動方式及程序等，於105年12月21日訂定「行政院及所屬機關（構）推動行政作業流程透明原則」，規範各機關業務作業流程應公開之法令適用、審查標（基）準、審核流程、審查進度與範例等事項，以確保政府行政部門運作、決策過程之外部監督可及性。