審計部臺灣省南投縣審計室(下稱南投縣審計室)查核發現，南投縣政府對於仁愛鄉清境地區違規營業之民宿業者，未落實稽查與裁處作業，且未分類分期列管拆除既存違章建築，並積極查報違規開發之山坡地行為，經陳報監察院核辦，業由監察院糾正南投縣政府。
依據發展觀光條例第25條第2項規定，民宿經營者，應向地方主管機關申請登記，領取登記證及專用標識後，始得經營。民宿管理辦法第27條第5款規定，民宿經營者不得有擅自擴大經營規模之行為。截至民國(下同)103年5月底止，南投縣仁愛鄉清境地區之民宿業者計132家，未領有民宿登記證者31家，領有登記證者101家(核准經營房數合計520間)，其中擅自違建及擴大經營規模，致超過原核准經營房間之民宿達66家，占65.35％，擴大規模後之房數合計798間，為原核准經營房數的1.5倍。
南投縣審計室於103年間查核發現，南投縣政府對清境地區未經許可登記及違規擴大營業之民宿業者，未落實稽查及裁處作業，並檢討違章建築之公共安全，落實分類分期及實施排定拆除作業，未能有效遏止業者違規經營行為；另未落實土地使用現狀調查及管制作業，依規定查報、制止民宿違規開發山坡地行為等情事。經於103年10月1日函請南投縣政府查明妥處，惟未為負責之答復，爰於104年9月14日依審計法第20條規定陳報監察院核辦。嗣經監察院立案調查後，於106年3月9日糾正南投縣政府。(詳監察院公報第3033期)