審計部臺灣省嘉義市審計室(下稱嘉義市審計室)查核發現，嘉義市果菜市場股份有限公司(下稱嘉義市果菜公司)執行交易市場內蔬果農藥殘留快速檢驗，未依規定拒絕檢驗不合格蔬果進入市場交易；另檢驗件數亦未隨交易量增加而調升，經函請檢討改善。已強化農藥殘留檢驗，依規定拒絕未合格蔬果進入市場交易及追蹤管制，維護民眾食用安全。
嘉義市果菜公司為保障民眾食用安全，訂有「進場果菜農藥殘留檢驗處理要點」(下稱處理要點)，據以抽樣辦理每年平均約2萬餘公噸進場交易蔬果之農藥殘留快速檢驗，拒絕未合格蔬果進入市場交易，以防止果菜農藥殘留超標之蔬果流入市面販賣。依據上揭處理要點規定，拒絕交易之蔬果由供應人領回或扣留，並送請衛生主管機關予以複驗；對拒絕交易扣留之貨品，應由市場仲裁小組簽證後，予以廢棄處置。嘉義市審計室民國(下同)103年查核發現，該公司對每年2萬餘公噸進場交易之蔬果執行農藥殘留抽樣檢驗，惟檢驗後未依前揭規定拒絕未合格蔬果進入市場交易，又未追蹤管制果菜流向及要求供應人(業者)辦理複驗，管控作業未臻落實；執行果菜農藥殘留檢驗工作，未公開檢驗結果資訊，又未因應進場交易量增加，調升抽樣檢驗件數，經於103及104年間函請檢討改進。
嗣經嘉義市審計室追蹤後續改善結果，嘉義市果菜公司對農藥殘留檢驗超標之果菜均已依規定要求供應人不得進入市場交易，並追蹤管制果菜流向及要求供應人辦理複驗；另提高進貨蔬果之抽樣檢驗件數。經統計截至105年12月底止，蔬果殘毒檢驗採樣測定件數5,030件，較104年同期3,019件，增加2,011件，增幅達66.61％；另抽驗比例亦由每7,932公斤抽驗1件，提升為每6,950公斤抽驗1件，抽樣檢驗件數及抽驗比例增加，並將抽驗結果公開於公司網站，以維護民眾食用安全及健康，增進人民之瞭解及信任。