審計部查核發現，內政部中部辦公室及土地重劃工程處辦理高鐵嘉義車站特定區區段徵收公共工程，民國(下同)93年完工後，該特定區抵價地因整地爭議，迄102年9月仍未完全點交予台灣糖業股份有限公司(下稱台糖公司)，經促請內政部等機關檢討改善。嘉義縣政府已完成該特定區抵價地之點交，內政部並修編「區段徵收作業手冊」，將可促使土方經濟利用，促進發展。
內政部中部辦公室及土地重劃工程處辦理高鐵嘉義車站特定區區段徵收公共工程，93年間完工後，依原計畫之分工由嘉義縣政府於94年3月辦理抵價地點交予台糖公司時，該公司發現抵價地街廓地面與公共設施道路高低落差約2公尺，認為整地尚未完竣，拒絕點交。審計部於102年9月間查核發現，內政部所屬於辦理公共工程規劃設計時，未能及時澈底解決抵價地高程問題，且未縝密規劃土石方料源之取得途徑及充分利用水庫清淤土方資源等情事，致衍生上開整地爭議，影響該特定區抵價地之開發利用，經通知內政部等機關妥為處理，並於103年2月報告監察院。
經審計部追蹤改善結果，內政部所屬辦理整地填土工程完成後，嘉義縣政府已於104年12月完成該特定區抵價地之點交，相關措施經監察院於105年1月函復備查，內政部嗣於105年12月完成修編「區段徵收作業手冊」，將「區段徵收工程規劃設計階段涉及土方供需問題，應依營建署頒布之『公共工程及公有建築工程營建剩餘土石方交換利用作業要點』規定上網申報，公共工程土石方…，並請營建署主動積極協調媒合」等文字內容納入該手冊中，請各縣市政府配合辦理。爾後區段徵收工程之土方納入上開作業要點管理，將可促使土方經濟利用，進而節省公帑與促進發展。