審計部查核發現，民國（下同）100年度以前綜合所得稅核定案件中，部分納稅義務人申報扶養軍教薪資所得免稅人員之子女，核與行為時之所得稅法規定未合，國稅局未剔除該等扶養親屬之免稅額，經函請國稅局全面清查，計補徵綜合所得稅4,594萬餘元。
101年取消軍教薪資所得免稅前，依所得稅法第4條第1項第1、2款及第17條第1項第1款第4目但書規定略以，現役軍人之薪餉，托兒所、幼稚園、國民小學、國民中學、私立小學及私立初級中學之教職員等免納所得稅，渠等人員之子女不得被其他納稅義務人申報扶養親屬，減除其免稅額(按：上開規定已於100年1月19日修正公布刪除)。審計部查核發現，各國稅局核定100年度以前綜合所得稅案件，對於部分納稅義務人申報之其他扶養親屬為軍教薪資所得免稅人員之子女，未剔除其免稅額，經函請各國稅局全面清查妥處。
嗣經審計部追蹤改善結果，各國稅局自104年5月起，陸續清查98至100年度綜合所得稅核定案件，並剔除納稅義務人申報扶養軍教薪資所得免稅人員子女之免稅額，截至105年底止，計補徵綜合所得稅5,491件、稅額4,594萬餘元。