審計部桃園市審計處(下稱桃園市審計處)查核發現，桃園果菜市場股份有限公司(下稱桃園果菜公司)執行交易市場內蔬果農藥殘毒快速檢驗，間有未依規定扣留銷毀檢驗不合格蔬果；蔬果農藥殘留檢驗工作抽樣件數或比率有待提升等情事，經函請檢討改善，已依規定辦理檢驗不合格蔬果扣留銷毀，並提高檢驗件數，強化果菜農藥殘留檢驗，維護民眾食用安全。
桃園果菜公司為保障民眾食用安全，訂有桃園果菜市場股份有限公司進場果菜農藥殘留檢驗處理要點，據以抽樣辦理每年平均4萬餘公噸進場交易蔬果之農藥殘留快速檢驗，以防止果菜農藥殘留超標之蔬果流入市面販售。該公司年度營業收入約2,100餘萬元，桃園市審計處民國(下同)104年11月查核發現，該公司未依前揭要點規定扣留銷毀農藥殘留檢驗超標之蔬果，並追蹤禁止供應人供貨5至10日，及對供應單位加強檢驗等程序，管控作業未臻落實；執行果菜農藥殘毒檢驗工作未訂抽樣件數或比率，亦未納入災害蔬果搶收、節慶需求大增等高風險因子妥為規劃辦理，檢驗件數或比率有待提升；農藥殘留檢測儀器未定期校正檢測，影響檢驗結果之正確性等情事，經於104年12月函請檢討改進。
嗣經桃園市審計處追蹤後續改善結果，105年度截至10月底止，桃園果菜公司對農藥殘留檢驗超標之果菜均已依規定扣留銷毀及追蹤管制；經檢討提高每日進貨蔬果之抽樣品項及件數，並加強節慶及災害搶收蔬果之農藥殘留檢驗，經統計蔬果農藥殘毒檢驗採樣測定件數5,022件，較104年度同期2,614件，增加2,408件，增幅達92.12％，檢驗件數明顯增加；已定期校驗檢測設備並附有有效日期為106年11月之儀器校驗報告，以確保檢驗之準確性，維護民眾食用安全。