審計部教育農林審計處(下稱教育農林審計處)查核發現，教育部未會同原住民族委員會(下稱原民會)訂定原住民族教育經費編列方式及比率原則，且部分非屬原住民族教育直接有關之經費納列為原住民族教育預算，經函請檢討改善，已訂定「原住民族教育經費編列原則與協商機制」，明定經費編列方式及原則。
教育部民國(下同)104年度依原住民族教育法第9條第1項規定：「中央政府應寬列預算，專款辦理原住民族教育，其比率合計不得少於中央主管教育行政機關預算總額之1.9％」之規定，編列原住民族教育經費預算28億8,531萬餘元(加計原民會12億4,761萬餘元，為41億3,292萬餘元，占教育部主管預算總額1.9％)，辦理原住民族教育。教育農林審計處於105年4月查核發現，教育部未依同法施行細則第4條規定會同原民會訂定原住民族教育經費之編列原則，致雖已依上開規定編列原住民族教育經費，惟將部分非屬原住民族教育直接相關之經費，納列為原住民族教育經費；且未足額編列私立大專校院原住民籍學生學雜費減免經費等情事，經於105年6月8日函請檢討改善。
嗣經教育農林審計處追蹤改善情形，教育部於105年7月28日會商原民會通過「原住民族教育經費編列原則與協商機制」，明定經費編列方式，每年由教育部與原民會會商定之；經費編列原則，須符合原住民族教育法第9條第1項專款辦理原住民族教育，包括提供原住民族學生與成人之一般教育積極扶助措施及專為原住民族文化特性之民族教育等經費，以保障原住民族教育權益。