審計部臺灣省彰化縣審計室(下稱彰化縣審計室)調查發現，彰化縣文化局辦理歷史建築鹿港鶴棲別墅修復工程，施工廠商於拆解原建築木料、石材及舊磚後未妥善保存，致部分構件遺失，該局遲未釐清短少數量並向廠商求償，經促請檢討改善，已求償293萬餘元，並於修復後開放參觀，以提升文化價值。
彰化縣文化局為保存、維護及活化再利用文化資產，期藉由古蹟修護工法讓受損嚴重且已成為危樓之鹿港鶴棲別墅恢復昔日風貌，提升文化價值，經文化部於民國(下同)101年7月間核定補助辦理歷史建築鹿港鶴棲別墅修復工程，經費2,500萬元。彰化縣審計室於103年10月查核發現，該工程於101年11月9日開工，因施工廠商對變更設計存有歧見，於102年11月26日終止契約，惟廠商於拆解原建築木料、石材及舊磚後未妥善保存，致部分構件遺失，該局遲未釐清各類構件短少數量，且未依契約規定求償，經於103年11月17日函請檢討改進。
嗣經彰化縣審計室追蹤改善結果，彰化縣文化局已於104年3月6日邀請專家召開會議討論各遺失構件價值及施工廠商應負賠償責任，於同年7月追討損失金額293萬餘元入庫；另遺失構件部分，已併入重新發包案由接任廠商辦理修復工事，經於105年7月15日驗收合格，同年10月30日起開放參觀，並不定期舉辦展演活動，吸引民眾前往遊覽，以提升文化價值。