審計部查核發現，行政院環境保護署(下稱環保署)及所屬機關辦理採購作業尚有改進空間；另所訂定採購內規未適用於所屬機關；且迄未成立採購稽核小組辦理稽核監督事宜。經函請檢討改善，該署已強化採購內部控制制度。
環保署及所屬環境檢驗所、環境保護人員訓練所等3機關辦理「氨氣分析儀5套」等35件採購案，總決標金額達4億7,493萬餘元，其採購作業經審計部於民國(下同)103年間派員調查結果，發現各該機關於招、決標至後續履約及驗收階段均存有多項作業缺失，舉如招標文件過簡、錯漏或前後矛盾、未按規定覈實訂定底價、廠商標價偏低未按規定程序辦理、不同委員評選結果有明顯差異卻未予處理、未覈實審查廠商資格或規格文件等；另該署針對辦理採購作業雖訂有「行政院環境保護署採購程序及標準作業要點」(下稱採購作業要點)，惟其適用範圍並未擴及所屬機關，且經抽查仍有部分如底價訂定由承辦採購單位分析市價，而非由規劃、設計、需求或使用單位提出底價分析等規定，與政府採購法令不符；又迄未成立採購稽核小組，就該署、所屬機關及補助地方政府採購作業辦理稽核監督，經建請該署督促所屬恪遵採購相關法令，並修正採購作業要點及擴大適用範圍至所屬機關；另成立採購稽核小組辦理稽核監督，以提升採購作業品質。
案經審計部追蹤改善結果，環保署已加強採購相關法令宣導，另為強化採購內部控制制度，已於104年7月28日成立採購稽核小組，及自同年9月起辦理採購稽核作業；並於105年10月3日修正採購作業要點，其重點包括公開招標案件須成立規格小組審查規格、增訂底價訂定相關原則、權責分工及訂定時機、所屬機關亦納入該要點適用範圍等。