審計部臺灣省雲林縣審計室(下稱雲林縣審計室)查核發現，雲林縣政府未依規定徵收非自來水用戶一般廢棄物清除處理費(下稱非自來水用戶清除處理費)，經函請該府檢討改善，已訂定相關徵收作業規範，並督促所轄鄉鎮市公所積極執行徵收。
廢棄物清理法第24條規定略以，直轄市、縣(市)主管機關為執行一般廢棄物之清除、處理，應依清除處理成本，向指定清除地區內家戶及其他非事業徵收費用。雲林縣審計室民國(下同)101年5月派員查核雲林縣政府及所轄各鄉鎮市一般廢棄物清除處理費徵收情形，發現雲林縣政府未訂定非自來水用戶清除處理費之一致性收繳作業規範，致除古坑鄉及水林鄉等2個公所續依90年10月廢棄物清理法修正前之規定由執行機關徵收，其餘18個鄉鎮市公所皆未辦理非自來水用戶清除處理費之開徵，經於101年7月4日函請檢討改善。
嗣經雲林縣審計室追蹤結果，雲林縣政府已於102年11月13日訂定雲林縣非自來水用戶一般廢棄物清除處理費徵收作業規範，對於非自來水用戶清除處理費徵收對象、費用計算方式、繳費單送達程序、帳務處理作業及核定後免徵要件等為一致性規範，通函所轄各鄉鎮市公所據以辦理。各鄉鎮市公所於103年度起已陸續完成轄內非使用自來水用戶之清查工作，並依法執行徵收清除處理費，截至105年9月底，103及104年度開徵之非自來水用戶清除處理費分別為2,589戶及2,289戶，徵收金額為293萬餘元及224萬餘元，增裕環境保護基金財源。