審計部查核發現，經濟部水利署(下稱水利署)辦理臺北水源特定區保育實施計畫未基於使用者付費原則籌覓財源，實際編列預算未及計畫2成，亦未督促地方政府健全回饋費發放作業規範，影響保育實施成效。經函請經濟部檢討改進，已協調臺北自來水事業處收繳已徵起之水源保護費，並促請地方政府陸續訂定(修正)回饋費發放作業規範，以強化水源保育工作。
水利署為維護大臺北地區主要水源水質水量之潔淨與安全，自民國(下同)97年起分2期辦理臺北水源特定區保育實施計畫(97至106年)，於特定區內(詳附圖）興建水土保持設施，與強化建築管理等保育工作。經審計部調查發現，該署囿於公務預算經費不足，且未依照行政院指示由95年起開徵之水源保育與回饋費支應，或依經濟部指示基於使用者付費原則籌覓其他財源，以充裕上開保育實施計畫經費，以致97至104年計畫預算編列數6億8,033萬餘元，僅為原核定經費35億4,195萬餘元之19.20％，無法有效執行保育治理工作；又水源保育與回饋費之支用，未依經濟部核示秉持保育與回饋並重原則，督導區內地方政府健全補助依據、對象資格及發放額度標準等相關規範，以致101至104年度實際支用於水源保育工作經費，僅分別占總執行經費之11.49％至14.42％，經審計部105年6月2日函請經濟部檢討改善。
案經審計部追蹤後續改善情形，經濟部已督促水利署基於使用者付費原則於105年10月17日與臺北自來水事業處簽署保育工作經費分擔協議，該事業處允諾將自106年起，另由105年已徵起之水源保護費中繳交該署每年約1億1,500萬元，挹注臺北水源特定區保育實施計畫所需經費，並已督導區內地方政府陸續訂定(修正)保育回饋費發放作業規範，包括105年8月4日修正新北市烏來區水源保育與回饋費自治條例，及訂定全民生活津貼發放要點等，俾落實保育與回饋並重之支用原則，增裕保育治理工作經費。