審計部查核發現，內政部營建署（下稱營建署）辦理工程採購，其提撥之工程管理費與規定有間及發放員工工程獎金超支，經函請檢討改善，該署已修正代辦採購作業費收支管理規範及檢討工程獎金發給原則，減少工程管理費及工程獎金支出。
營建署為政府採購法第40條所稱具有專業採購能力之機關，辦理機關法定預算內及代辦其他機關或地方自治團體委託之工程採購案，並依「中央政府各機關工程管理費支用要點」及「中央政府各工程機關員工工程獎金發給要點」規定提列工程採購之工程管理費，及發放該署員工工程獎金。經審計部於民國(下同)104年度查核發現，營建署於103年度辦理工程採購之契約金額計499億9,521萬餘元，支用工程管理費2億2,215萬餘元，惟部分機關洽請該署代辦工程採購之工程管理費提列標準不一，及該署未於年度開始前評估工程管理費之可支用額度，逕由部分代辦工程之工程管理費提撥發給工程獎金，致部分工程提撥列支之工程獎金逾規定限額，經函請行政院公共工程委員會及營建署檢討改善。
嗣經審計部追蹤上開機關改善結果，行政院公共工程委員會已於104年6月29日通函各部會行處署於洽請其他具工程專業能力之機關代辦採購案，工程管理費應依中央政府各機關工程管理費支用要點第4點所定工程管理費之70％提列，營建署亦配合修正「內政部營建署工程專業代辦採購作業費收支管理規範」，規定代辦採購作業費按工程管理費70％提列，自105年1月11日執行；該署並就已同意代辦之工程於104年度辦理規劃設計案21件，其工程管理費將按70％提列，計減少工程管理費提列數3,304萬餘元；另檢討工程獎金提列及發給原則，刪減工程獎金支領對象及調整點數，自104年度6月起每月工程獎金由411萬餘元，減少至302萬餘元，104年度可減少支出763萬餘元，105年度起每年減少支出1,308萬餘元，節省公帑支出。